Per la produzione del prosciutto cotto vengono impiegate cosce di maiale, utilizzando in genere i prosciutti crudi che durante la stagionatura subiscono alterazioni oppure le cosce dei suini macellati fuori stagione, e che quindi non potrebbero essere utilizzate per ottenere prosciutti crudi.
La qualità è legata alla materia prima, alla composizione della salamoia ed alla tecnologia di lavorazione (temperatura tempi e modalità di cottura); le cosce vengono disossate manualmente oppure meccanicamente:
per prodotti di alta qualità, non e' prevista l'aggiunta di polifosfati (addensanti che trattengono acqua nei cibi rendendoli così più pesanti e che possono alterare negativamente il rapporto calcio- fosforo nel nostro organismo) e le ossa vengono asportate mantenendo inalterata l'integrità delle masse muscolari, secondo una tecnica detta a prosciutto "chiuso"; le ossa vengono invece asportate dalle cosce incidendo le masse muscolari nella produzione di prosciutti di qualità media, privi di polifosfati, o di qualità bassa addizionati di polifosfati e caseinati.

Le carni vengono sottoposte a salagione a secco o in salamoia oppure per iniezione nei vasi sanguigni tramite siringatrice multiaghi; la salamoia e' una soluzione acquosa in cui sono state disciolte sostanze quali: sale (per conferire sapore al prodotto), aromi naturali (in genere rosmarino, aglio, coriandolo, ginepro, per esaltare il gusto), glutammato (per esaltare la sapidità del prodotto), polifosfati e caseinati (per trattenere l'acqua durante la cottura: senza di essi il prodotto sarebbe stopposo); nitrati e nitriti (inibiscono lo sviluppo dei microrganismi, forniscono alla carne una colorazione rosata e migliorano la sapidità del prodotto evitando che questo assuma un gusto amaro) e acido L-ascorbico e zuccheri (favoriscono l'azione degli altri additivi). Le carni vengono quindi sottoposte a zangolatura (massaggio vigoroso e prolungato - dalle 30 alle 70 ore - che favorisce la distribuzione omogenea della salamoia nell'intera massa muscolare e che facilita, durante la cottura, la coesione tra i diversi muscoli e pezzi di carne).
Le carni vengono poi poste in appositi stampi di metallo e pressate (con eventuale disaerazione) per dare al prosciutto la forma finale. La cottura avviene all'interno degli stampi di metallo in forni a vapore oppure in acqua a 100°C, per un tempo pari a circa 1 ora per ogni Kg di prodotto; il prosciutto assume quindi definitivamente la forma dello stampo, da cui verrà estratto, ripressato e raffreddato a 0°C per 24 ore. Una volta raffreddato viene sottoposto a rifilatura e tolettatura, ricoperto di una patina protettiva oleosa o di paraffina, ed avviato al confezionamento sotto vuoto e alla pastorizzazione.

Dal punto di vista commerciale, pertanto, distinguiamo: i prosciutti con cotenna e grasso (in genere senza aggiunta di polifosfati e disossati manualmente) e i prosciutti sgrassati (formati non dalla coscia intera, ma da diversi pezzi di carne ricompattati in un'unica forma e generalmente addizionati con polifosfati).

A differenza del prosciutto crudo, il cotto e' molto più digeribile, proprio grazie alla sua cottura, contiene meno sale, anche se è ricco di ferro, zinco e sali minerali; per quanto riguarda l'aspetto, il colore del prosciutto cotto deve essere rosa e non deve presentare nervi o cartilagini; evitate i prosciutti che presentano un colore troppo acceso o troppo pallido, mentre se tende al marroncino, è sicuramente un prodotto biologico e questo particolare colore e' dovuto alla mancanza di additivi. Un buon prosciutto cotto ha la cotenna ed uno spesso strato di grasso, completamente bianco; al taglio, tende a sbriciolarsi; la fetta non deve essere troppo umida (l'umidità è sintomo di utilizzo dei polifosfati) ne' troppo secca (che indicherebbe un utilizzo a monte della spalla e non della coscia).